Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,266 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 489,266 | 0 | A | T | 97.4% | 601.1 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (94/163); minor base C (6/1); total (102/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,267 | 0 | G | C | 98.1% | 602.1 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base C (99/162); total (102/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,268 | 0 | C | G | 99.6% | 616.1 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (101/163); total (102/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGC > CP042583/488986‑489547 ||| aTCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa < 2:536841/288‑1 (MQ=255) ggCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTg < 1:1468517/289‑1 (MQ=255) cgcTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTgg < 1:1464241/288‑1 (MQ=255) gcTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTTCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACACGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCa < 1:749017/289‑1 (MQ=255) gatttggtgCGGCGATGTCGATGTTATGTGTGCAGGTGAGTAAGCGAAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAAAAACCACGCATAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCa < 2:429075/283‑1 (MQ=255) gttgtGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCCGGGTCTTTTTGACCCCGGCCCt > 2:564890/1‑288 (MQ=255) aTGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGt > 1:162499/1‑289 (MQ=255) aTGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGt > 1:1615367/1‑289 (MQ=255) tatGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGa < 1:426920/289‑1 (MQ=255) tatGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGa < 1:530662/289‑1 (MQ=255) gctgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCg > 1:718703/1‑289 (MQ=255) tgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCCCTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGc < 1:651521/289‑1 (MQ=255) tgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGc < 1:955092/289‑1 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 1:124476/1‑286 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 1:137746/1‑286 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 1:910765/1‑286 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACCACCCCGCCCGGTCTTTTTGACCCTGTCACTCCATGCGATAGTTGCAGCTGGAGCgg > 2:1392284/1‑286 (MQ=255) tGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCt > 1:267544/1‑288 (MQ=255) gaggagtcgcAGCGGGGGCAGCTCGACTCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGGTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAGTCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTa < 2:1676042/281‑1 (MQ=255) tATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGTTCTTTTTAACCCTGGCACTCCATCCGATCGTTGAAGCTGGTGCCGCCTGTCGACCgg > 2:71889/1‑288 (MQ=255) ctGCGCGGCGGGCGCAGCGCAACGCCACTAAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGGGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTAGCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGc < 2:673261/287‑1 (MQ=255) gcAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGAt > 1:379341/1‑289 (MQ=255) cAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGGGTGGCGGTGGCACTACGGCGCTCGGTCTTTTTGACCTTGGCCCCCCATGCGGCCGTCGAAGCTGGAGGGGCCGGGCTACGGCTgcta > 2:835020/1‑285 (MQ=255) cTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa > 2:618687/1‑232 (MQ=255) cTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa < 1:618687/232‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTgg > 1:1666149/1‑283 (MQ=255) tGGCGCAGCTCGACGCCACTCCGGTTGAGAGTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCgg < 2:1832826/289‑1 (MQ=255) tGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCg < 1:835020/288‑1 (MQ=255) 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cGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACCCGCGCGCCCGGTCTTTTTGACCCTGGCACCCCATCCCATATGTGCACCCGGAGCGGCCCTGCTCCCGCTGGACACCGGACATCCGGCCgt > 2:1309605/1‑287 (MQ=255) cTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCTGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCTCTGGGTCTTTTTGACCATGGAACTCCATGCGGTAGTTGCAGCTGGAGGCGCCTGGCCGTCGGCGGTTACCGGCtctcgtaccgtgtcccg > 2:1161460/1‑276 (MQ=255) cTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGAGACCGGCTATGCGGaacaccgcc > 2:1309810/1‑280 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |