| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 489,383 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 489,383 | 0 | A | T | 99.5% | 461.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,384 | 0 | G | C | 99.5% | 459.6 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (76/119); minor base A (0/1); total (76/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,385 | 0 | C | G | 100.0% | 461.1 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (76/120); total (76/120) | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACA‑CGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGT > CP042583/489103‑489661 ||| tggCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAAt > 1:998554/1‑289 (MQ=255) ggCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCTTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGTCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAAt < 1:1526537/288‑1 (MQ=255) ggCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACcgacg < 1:1853977/287‑1 (MQ=255) aaaaaCACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCaa < 1:1307762/289‑1 (MQ=255) 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cGGAGGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCcgcg < 1:925496/289‑1 (MQ=255) ggATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCgcgc < 1:1911465/289‑1 (MQ=255) caggCGCTGAGAGATGCGCGTTGCCTGTGCAGCTATCGGGAAAGGCGGGAGCAGGGGGTGGCGCTGGCGAATCTGATGGGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCg < 2:1146335/287‑1 (MQ=255) cgcTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCCGTTAATTACCACCCACGATCAACTGCCGCGCGTTAGCGAtcg > 2:1577817/1‑287 (MQ=255) gcTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGtt < 1:1233730/289‑1 (MQ=255) cTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGtt < 2:613756/288‑1 (MQ=255) gCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTccc < 2:883325/288‑1 (MQ=255) ccTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCtt < 1:1872265/289‑1 (MQ=255) ccTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCtt < 2:1119481/289‑1 (MQ=255) 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aTCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGc < 1:836963/289‑1 (MQ=255) tCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCtata > 1:1437950/1‑284 (MQ=255) ggAAAGGCGCGAGCGGGTGGTGGGGCTGGCGAATCGGCTGCGTGGGCGAGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTGGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGcccc < 2:1698135/288‑1 (MQ=255) 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GGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACA‑CGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGT > CP042583/489103‑489661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |