Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,806 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 489,806 | 0 | A | T | 98.8% | 557.2 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (96/142); minor base G (1/2); total (99/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,807 | 0 | G | C | 99.2% | 549.3 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (99/142); total (99/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,808 | 0 | C | G | 98.8% | 553.0 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (95/144); total (99/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGAT > CP042583/489526‑490087 ||| cTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTg > 1:1786709/1‑289 (MQ=255) aCCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTggcg > 1:1643520/1‑288 (MQ=255) tGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCCGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGCGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCACGGGCAAAACTGGGGATGGCTGAACCGGCAGCGCACCGCGACCCGCTCGCCATGCAGCCATTCTTTGCTGAATATTGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCTATGCTGTCGGCCttt > 2:1909740/1‑289 (MQ=255) tGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGGCCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGAACAAGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCAttt > 1:1067672/1‑289 (MQ=255) 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tttGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTg < 1:1392284/289‑1 (MQ=255) aaaaTCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGa > 1:1619057/1‑289 (MQ=255) aTCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTCCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTTGGGCCTTAc > 2:1444049/1‑288 (MQ=255) 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CTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGAT > CP042583/489526‑490087 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |