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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,515,099 | 0 | T | A | 100.0% | 702.1 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
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ttttcctGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTGTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTctct < 2:1778031/282‑1 (MQ=255) ttctcatGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTc > 2:518605/7‑270 (MQ=255) ttctcatGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTctct < 1:1635637/282‑1 (MQ=255) gTTTGATTACCGCTCAAAAGTGTTTAACGATAACCGTGGTCTGAGCATCGACCTGCGGCTCGCAAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGAGCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAGCTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTa < 2:1190198/289‑1 (MQ=255) ttGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAg < 1:425257/288‑1 (MQ=255) ttACCGCCCAAAAGGTTTAGAAGATAGCCGTGGACTGCGCCTCGACCGGCCGCTCGCCAGCCACCCGCTGGCAGAAGGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAAGCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATGACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGACGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAGTTGt < 2:883791/288‑1 (MQ=255) ||| GGCAAAAGCGCAGTTTTATCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTGATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCAGTTGGTTTGATTACCGCAGTAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCCGATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAGTTGT > CP042583/1514817‑1515377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |