| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,515,674 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,515,674 | 0 | A | T | 99.6% | 597.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (125/129); total (126/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,515,675 | 0 | G | C | 100.0% | 610.2 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/130); total (126/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,515,676 | 0 | T | A | 99.2% | 600.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/127); minor base G (0/2); total (126/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TCAAGTTTGATATAGGAAACTCCACGATGAACGCTGAGCGTAAATTTCTTTTTGCCTGTCTTATTTTTGCGCTGGTCATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCAGTTTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCAGCTGCAGTTTCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGGACGTGATTTACTGCTGAAATACGTTGGCCATAGCAATACCTTCCAGGCCATTGAAAAAGGCATTGCGCGTAACGGTATTGATTTTCTTATTCTGACCCGCTTAATCCCGTTGTTTCCTTACAATATTCAAAATTACGCTTACGGATTAACCACAATCGCCTTCTGGCCTTATACCCTTATTAGCGCACTCACGACCCTACCCGGTATTGTTATTTATACCGTG > CP042583/1515396‑1515955 ||| tCAAGTTTGATATAGGAAACTCCACGATGAACGCTGAGCGTAAATTTCTTTTTGCCTGTCTTATTTTTGCGCTGGTCATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTg > 1:1260594/1‑288 (MQ=255)tCAAGTTTGATATAGGAAACTCCACGATGAACGCTGAGCGTAAATTTCTTTTTGCCTGTCTTATTTTTGCGCTGGTCATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTg > 1:174763/1‑288 (MQ=255) tttGATATAGGAAACTCCACGATGAACGCTGAGCGTAAATTTCTTTTTGCCTGTCTTATTTTTGCGCTGGTCATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACGCTACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATCTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCAACATTGCCACCCTCTTGCTTTTACGATGAAGCATACTGGTGATCGCGTGAGGAATAGTTTTTTGCCCGCTATGAGGGACACTACTACCATTAATTgccgcc > 2:151639/1‑288 (MQ=255) tGATATAGGAAACTCCACGATGAACGCTGAGCGTAAATTTCTTTTTGCCTGTCTTATTTTTGCGCTGGTCATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCAc > 1:478689/1‑288 (MQ=255) 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cATTTACGCTATCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCATTCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGGACGTGATTTACTGCTGAAATACGTTGGc < 1:934858/289‑1 (MQ=255) tttACGCTTTCCACCCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCGTGCTGTTACCTGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCCTTCCTGCTGGCGCGCTGGCTTGGACGTGATTTACTGCTGAAATACGTTGGCCa < 1:849165/289‑1 (MQ=255) aCGCTATCCACGCGTTCGGTCTATTCGAGCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGTCACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATACCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCGCTTGCTGTTACCAGGAAGCCTACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCATTCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGAGCGTGATTTACTGCTGAAATACGTTTGCCATAg < 1:784758/289‑1 (MQ=255) tcccACGCTTTCCGTTGTTGCGACTTGCTCACCGTTTTACCCCACTGACTGCCACTCTGCCGCCCGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTAGATTCTGTTATTCATCATTGCCCCCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCAGACTGGTGATCGCGGGAGGAATTGTTTTTGGCCCGCTCTTAGCGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCATGCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGGACGTGATTTACTGCTGAAATACGTTGGCCATAGCAATa < 2:1017736/287‑1 (MQ=255) aTCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCATTCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGGACGTGATTTACTGCTGAAATACGTTGGCCATAGCAATa < 2:160594/289‑1 (MQ=255) tCCACGCTTTCGGTTTATTCGATCTGCTCACCGATTTACCCCACTTACAGACACTCATCCGCCAGAGCGGATTTTTCGGCTATAGCCTCTATATTCTGTTATTCATCATTGCCACCCTCTTGCTGTTACCAGGAAGCATACTGGTGATCGCGGGAGGAATAGTTTTTGGCCCGCTCTTAGGGACACTACTCTCATTAATTGCCGCCACGCTGGCCTCCTCGTGCTCATTCCTGCTGGCGCGCTGGCTGGGACGTGATTTActg < 1:901164/263‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |