| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 490,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 490,454 | 0 | A | T | 98.2% | 380.1 / ‑3.9 | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (68/91); minor base C (3/0); total (72/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,455 | 0 | G | C | 97.5% | 366.8 / ‑5.8 | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base C (69/90); total (72/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,456 | 0 | C | G | 97.6% | 364.8 / ‑4.8 | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base G (69/91); total (72/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑AGCCAAAGC‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCAGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGC > CP042583/490189‑490732 ||| ccGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGAAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGa < 2:1463654/288‑1 (MQ=255) gccTTTTTTGCCGACCCTTTGCCCCCAGGGGAGCGGATGGCCCGTACCGGAGACGTTCCCCGCTGGCGGGATCACGGGGCGGTGGAGTACTTCGGCCGGAGTGATGATCAGCAAAAAATCCGCGGGCCGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATa < 2:397847/287‑1 (MQ=255) gttgttttGCCGGTCCTTTGGGCCAAGGTGACGGGAGGTACCGTACCGGGGCCGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGATAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATAc < 2:1482133/283‑1 (MQ=255) aTCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCa > 1:1372750/1‑289 (MQ=255) tGCCCCATGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCTGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAg < 1:691639/289‑1 (MQ=255) atccccGGGTGGCCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGATGGATAACGGCGGGGGGGAGTACCTGGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAAGTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAg < 2:923413/287‑1 (MQ=255) aaCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑T‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAAc > 1:1778105/1‑289 (MQ=255) cGGATTGACCGTGCGGGGGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGGGGGGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACa < 2:1273409/288‑1 (MQ=255) tGTACCGTACCGGGGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTTCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCATGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGc < 1:1025558/288‑1 (MQ=255) gtaccgtaccGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGACCAAGCCGTTACCCACGCCTGCGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGCCCATTGGTTGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGACTTCCGTTGGATACCCGCGCCTTGCAGGCTCCGCTTCGTCAGACATTgac > 2:1901176/1‑286 (MQ=255) gtaccgtaccGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGcca < 1:436948/289‑1 (MQ=255) gtaccgtaccGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGcca < 1:1045606/289‑1 (MQ=255) gtaccgtaccGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGcc > 1:987248/1‑288 (MQ=255) taccgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGcca < 1:840556/288‑1 (MQ=255) agcgtaccgGGGACGTTGCCCGCTGGGTGGATAACGGCGCGGGGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccac < 1:23203/286‑1 (MQ=255) accgtccggGAGCCGTGGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGTGGATAAGCTAGAAATTCGCGGGAAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGACCAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATGAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 2:530502/289‑1 (MQ=255) accgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 1:1132182/289‑1 (MQ=255) ccgtaccgGGGACGTTGCCCGCTGGCTGGGTACCGGGGGGGTGGGGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGAGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 2:209859/288‑1 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACat > 1:1845631/1‑289 (MQ=255) 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ccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACatat > 1:310781/1‑289 (MQ=255) cgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTg < 1:1708552/277‑1 (MQ=255) gagaCGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAAGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCCATTGGTGGGCTATCGGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGGAACATTGCCACCACATATGGt > 1:1088374/1‑289 (MQ=255) 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aTGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCTCGTCGTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGAt > 1:580207/1‑287 (MQ=255) cAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTctcgt < 2:1439617/247‑5 (MQ=255) cAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTctcgt > 1:1439617/1‑243 (MQ=255) cTATCTGGT‑G‑TCGCAATCG‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCTCGTCGTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGc > 1:1901502/1‑289 (MQ=255) cTATCTGGT‑G‑‑GCGCAAGCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCTCGTCGTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTgg < 1:1901006/288‑1 (MQ=255) ||| CCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGT‑G‑AGCCAAAGC‑GGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGT‑TACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCAGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGC > CP042583/490189‑490732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |