| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,520,900 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,520,900 | 0 | A | T | 99.5% | 509.6 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/97); minor base C (1/0); total (116/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,901 | 0 | G | C | 99.5% | 504.0 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/96); minor base A (0/1); total (116/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,902 | 0 | T | A | 99.5% | 507.0 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/97); minor base G (1/0); total (116/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTAGTGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCT > CP042583/1520626‑1521172 ||| cGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGc > 1:696342/1‑288 (MQ=255) 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cTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTg > 1:611293/1‑288 (MQ=255) gAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGATTGCTTTTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGCGCAACGGACTGACATCCTACCCACTGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGCCCAGTTCAGTGTCGGACAAAATTTACTGCCGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGGAATGCCGTGAATGATTCACTTAAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAACCTTCCAACAGGATCCCGCCACGTTg > 2:1723711/1‑287 (MQ=255) aaaTCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACCGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCt < 2:1061760/288‑1 (MQ=255) ||| AGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTAGTGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCT > CP042583/1520626‑1521172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |