Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,532,258 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,532,258 | 0 | A | T | 99.5% | 461.8 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,532,259 | 0 | G | C | 99.5% | 461.7 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/83); minor base A (1/0); total (113/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,532,260 | 0 | T | A | 99.5% | 466.6 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/83); minor base G (1/0); total (113/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTAAGCATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATAGCACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGG > CP042583/1531993‑1532534 ||| gATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATg < 1:313848/287‑1 (MQ=255) tGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTGGATTGGTGTTCATACTGCTGGTGTCTAAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCt > 2:287893/1‑289 (MQ=255) tGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCAc < 1:623228/289‑1 (MQ=255) tAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAggg > 1:962056/1‑287 (MQ=255) tAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGGGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTCCTATCGGTATCTTCGGCTTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATCCTGATGGGTTCCCAACTTCACCGCTGTCGGATGttcagtacacccggcc > 2:1483323/1‑274 (MQ=255) cAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGTCACTtccccc > 2:694937/1‑289 (MQ=255) ggcggcAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGccgccg > 2:423697/1‑288 (MQ=255) 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agtgagtgGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGATAAGCCTGTGGTGGGATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGGGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGtt < 2:1302448/288‑1 (MQ=255) aGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTa < 1:1348873/289‑1 (MQ=255) aTTCGCTCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCt < 1:1533595/240‑1 (MQ=255) 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GATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTAAGCATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAG‑CACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATAGCACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGG > CP042583/1531993‑1532534 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |