Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,532,384 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,532,384 | 0 | A | T | 99.6% | 581.4 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,532,385 | 0 | G | C | 99.6% | 568.7 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (136/108); total (137/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,532,386 | 0 | C | G | 99.6% | 584.3 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (136/108); total (137/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TAGCACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCCAGCGTAGCCTCTACCGT > CP042583/1532104‑1532664 ||| ttACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGc < 2:435118/288‑1 (MQ=255) tACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGccc < 1:1819204/289‑1 (MQ=255) tACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGcc < 1:1238149/288‑1 (MQ=255) aCTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCa < 1:1483323/289‑1 (MQ=255) 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aTTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGc < 2:228602/288‑1 (MQ=255) aTTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGc < 1:277105/288‑1 (MQ=255) aTTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGc < 1:1402001/288‑1 (MQ=255) aTTTCCACGACAGCCAATTACATTGGTGCTAATCCCAGCTCCAGGACCGGTTCTCTCGGTATCTTCCGCGTGTTCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCTCTTGCGTATGTTTCTAGCACCAAGGCACTGCCGCCGTAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGGAGTGAAAGTGGCTATAGACGCTTTATCACGCGGGTTGGTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGc < 2:1349097/288‑1 (MQ=255) cAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGa < 1:544030/288‑1 (MQ=255) tAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGt < 1:820004/289‑1 (MQ=255) 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tGCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGcctcggtagc < 2:1611981/288‑9 (MQ=255) gCTGATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGGGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCAAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCCTCGGTAGCct < 1:1673736/289‑1 (MQ=255) gATGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCCTCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCATGCCATGTTACCTTCACCGCTGGCCTCGGTCGCctct > 2:1752693/1‑288 (MQ=255) tGCGCGTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGGTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCTCCGGTAGCCTCTAcc > 2:1818508/1‑289 (MQ=255) cgcgTCA‑TTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCCTCGGTAGCCTCTACCGt > 1:1425963/1‑289 (MQ=255) ||| CGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCA‑TAGCACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCGGTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCCAGCGTAGCCTCTACCGT > CP042583/1532104‑1532664 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |