Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,535,325 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,535,325 | 0 | G | C | 99.6% | 633.4 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,535,326 | 0 | C | G | 99.6% | 638.3 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/123); minor base T (1/0); total (144/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,535,327 | 0 | T | A | 100.0% | 643.1 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (144/123); total (144/123) |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGGCTCCAGTTACCAACAAAACTGAGCCGCGCGGACCATTTTCCACG > CP042583/1535046‑1535606 ||| gggaccAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAg < 2:837818/284‑1 (MQ=255) 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gCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGCGACCAGTTACCAACACATGAGAGCCGCGCGGACCAt > 1:556343/1‑289 (MQ=255) gCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGCGACCAGTTACCAACAAATGAGAGCCGCGCGGACCAt > 1:159033/1‑289 (MQ=255) gCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGCGACCAGTTACCAACAAATGAGAGCCGCGCGGACCAt > 2:596172/1‑289 (MQ=255) gCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACAACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGCGACCAGTTACCAACAAATGAGAGCCGCGCGGACCAt > 1:1914517/1‑289 (MQ=255) tctGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGCGACCAGTTACCAACAAATGAGAGCCGCGCGGACCATTTTCCACg < 1:485729/289‑1 (MQ=255) ||| GGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATACCACCCAGCAGAAACATTATTCGCCAACTAAAAAAAGCGATAACCACCACGCCTATCGCCGCAGACAGCATGGGGCTCCAGTTACCAACAAAACTGAGCCGCGCGGACCATTTTCCACG > CP042583/1535046‑1535606 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |