Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 491,824 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 491,824 | 0 | A | T | 100.0% | 227.2 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 491,825 | 0 | G | C | 100.0% | 225.3 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (71/25); total (71/25) | |||||||||||
* | CP042583 | 491,826 | 0 | T | A | 100.0% | 227.7 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (71/25); total (71/25) | |||||||||||
* | CP042583 | 491,827 | 0 | A | T | 99.0% | 223.7 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (71/24); total (71/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 491,828 | 0 | G | C | 100.0% | 227.0 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (71/25); total (71/25) | |||||||||||
* | CP042583 | 491,829 | 0 | T | A | 100.0% | 226.7 / NA | 96 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (71/25); total (71/25) |
GGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTC‑ATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGC > CP042583/491555‑492094 |||||| gggACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTC‑ATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACa > 1:593921/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |