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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,544,470 | 0 | T | A | 99.6% | 655.2 / ‑6.0 | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/128); minor base G (1/0); total (149/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ACAGTTACCGCAACGAATTTCTATGCGCTGCATTCCATGACTCAAGTCTTTGATATAACGAATGGATTCTTCACTTACCGGTTCGTAGAAACTGGGCCAGCCACAGCCGGAATCATACTTGGTTTGGGAATGAAACAGCGGGGCATCGCAGATCAAACAGTGATATACGCCGTCACGCTTGTTATGCAGTAAACGACCCGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCGCTAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGA > CP042583/1544192‑1544749 ||| tACCGCAACGAATTTCTATGCGCTGCATTCCATGTGACAAGTCTTTGATATAACGAATGGATTCTTCACTTATCGGTTCGTAGAAACTGGGCCAGCCACAGCCGGAATCATACTTGGTTTGGGAATGAAACAGCGGGGCATCGCAGATCAAACAGTGATATAAGCCGTCACGCTTGTTATGCAGTAAACGACCCGTAAATGGCGGCTGTGTCCCATGATTCCGCGCCACGTAAAACTGCATTTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCAt > 1:320105/1‑289 (MQ=255) 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cATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGga > 1:836414/1‑289 (MQ=255) cATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGga > 1:710698/1‑289 (MQ=255) cGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGgattgat > 1:857538/1‑289 (MQ=255) gACAAATTTTCTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATTTCACTTTAATTGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAAATTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAACTGGCTGCCCCTAAATCATGATGAAATTCACATTTATATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCTGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCACGCACAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGATCAGGCACAGGAATGAgtt > 2:1692533/1‑289 (MQ=255) cAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGt < 1:846027/289‑1 (MQ=255) cttctGCCGAAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTTATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAATTGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGa < 1:853384/289‑1 (MQ=255) ||| ACAGTTACCGCAACGAATTTCTATGCGCTGCATTCCATGACTCAAGTCTTTGATATAACGAATGGATTCTTCACTTACCGGTTCGTAGAAACTGGGCCAGCCACAGCCGGAATCATACTTGGTTTGGGAATGAAACAGCGGGGCATCGCAGATCAAACAGTGATATACGCCGTCACGCTTGTTATGCAGTAAACGACCCGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCGCTAGGTTT‑ATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGA > CP042583/1544192‑1544749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |