| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 492,802 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 492,802 | 0 | A | T | 99.2% | 598.5 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 492,803 | 0 | G | C | 99.2% | 605.0 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/141); minor base A (1/1); total (113/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 492,804 | 0 | T | A | 100.0% | 605.5 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/142); total (113/142) | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AACATTCAGCGCCTCAATTATAGTCTCGACATTGCCAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGAGTTTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTACTAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAAT‑CAGTTCAGCAGTGACAATCTCCT > CP042583/492526‑493081 ||| aaCATTCAGCGCCTCAATTATTCACTCGACATTGCCAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAATCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGCGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACACAAGCAACTGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAATTATCAGTTAACCCCGacattcacattga > 2:1026175/1‑277 (MQ=255) 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cAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATAACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGAt < 1:1740853/288‑1 (MQ=255) cgcgGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGAAGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAACAAGGTCCGGGTAAGGCGAGTATTGTTATCCtt > 2:796479/1‑289 (MQ=255) cccGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGTAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATTTCAACGCTGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTCAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATGAATGTGATCCATTCCGCGGTGATCGGCCGGa > 2:493316/1‑289 (MQ=255) 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AACATTCAGCGCCTCAATTATAGTCTCGACATTGCCAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGAGTTTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTACTAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAAT‑CAGTTCAGCAGTGACAATCTCCT > CP042583/492526‑493081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |