Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,553,491 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,553,491 | 0 | A | T | 99.5% | 488.7 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,553,492 | 0 | G | C | 100.0% | 481.3 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (123/82); total (123/82) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,553,493 | 0 | C | G | 99.5% | 482.8 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/81); minor base T (0/1); total (123/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAGA > CP042583/1553215‑1553763 ||| acaaGATTAGCCATCGAGCTATGGGCGTTAATAGCTTTATTATGTCGGGCATCGCTATGCTGCAACTTCCTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCTGTCAACTGTTTCTTGTGTCTTTTCTGATTTAGAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGGTCATGATGTGCTGACAAATAGTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTgttgtt < 2:828878/288‑1 (MQ=255) 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CGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAGA > CP042583/1553215‑1553763 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |