Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,556,633 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,556,633 | 0 | A | T | 99.6% | 612.4 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/115); minor base C (1/0); total (142/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,556,634 | 0 | G | C | 99.6% | 602.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (142/114); total (142/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,556,635 | 0 | C | G | 98.8% | 592.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (139/114); total (142/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TTAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACAGCCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCAGTCCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTAGCCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAAC > CP042583/1556354‑1556909 ||| ttAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCcttact > 2:266087/1‑289 (MQ=255) ggCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACttatta < 1:317931/288‑1 (MQ=255) cAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTCCGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTattatt < 1:580275/288‑1 (MQ=255) cAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTAttt > 1:1325016/1‑289 (MQ=255) aaaaCAGACTGGTCCTTGTCGCTGCCATTCTGATAATTGCCACAACATTACGCCTCACCTTTCCCCGTGCAGCACCGTTACTTGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCGTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTgg < 2:780252/289‑1 (MQ=255) ttGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTTCCACCACATTGCGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGTTACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAg < 2:685177/288‑1 (MQ=255) tCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACTACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTTTTATTTGGCGGTACAGCgg > 2:950247/1‑288 (MQ=255) cTGGCGTTCTAGTGATTGCCACAACTTTACGACCCGCTTTACCCAGCGCAACACCCGTCCTGGATTCGAGTCGATCCGCTTACTCGCTAACAACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCGCCCTGCGATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGACCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCgg < 2:1102464/289‑1 (MQ=255) tGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGt > 2:118900/1‑289 (MQ=255) gCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGCACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTGATTTTTGTGCGGTGCAGAGGTCATTGCCGGT‑gg > 2:454197/1‑289 (MQ=255) aTTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGa < 2:89252/289‑1 (MQ=255) aTTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGa < 1:344760/289‑1 (MQ=255) ttGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAgg < 2:522239/289‑1 (MQ=255) gCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCa < 1:116845/289‑1 (MQ=255) gCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCa < 2:811690/289‑1 (MQ=255) ccattcccctgcACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCTCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCt < 2:147977/278‑1 (MQ=255) caTTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCtt < 1:182941/289‑1 (MQ=255) tACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCtt > 1:254050/1‑286 (MQ=255) gcgTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGcc < 2:666719/289‑1 (MQ=255) cACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGa < 2:1899040/289‑1 (MQ=255) aCCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGat > 1:296219/1‑289 (MQ=255) aCCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGat > 2:311051/1‑289 (MQ=255) tACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTCGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGattaatt > 2:179900/1‑289 (MQ=255) cgcAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAAcgc > 1:739663/1‑289 (MQ=255) cgcAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTG‑CATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTCTTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGTG‑GGGTTTGCATTAGGCAATTTCTTACTTCCAGGATTAATTaaaagga > 2:9312/1‑285 (MQ=255) 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gCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGaa > 1:119660/1‑289 (MQ=255) gCAATTCGCTCTCCCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGCTTGCCTTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGCTTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGCCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGCGCTGCAGCGCCCCTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTCAACGGTTTTGCCTGGCAAGGCCCGTTGCTCATGCTGATGGGTTTTCCTCTGCTGTTCCTTTTCTTGTGGCTGCCATAGTGGctga > 2:1349378/1‑286 (MQ=255) tCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTca > 2:413585/1‑288 (MQ=255) ||| TTAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACAGCCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCAGTCCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTAGCCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGT‑GGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAAC > CP042583/1556354‑1556909 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |