| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,556,930 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,556,930 | 0 | A | T | 99.3% | 659.7 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (119/162); minor base G (1/1); total (121/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,556,931 | 0 | G | C | 99.7% | 662.3 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (120/163); total (121/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,556,932 | 0 | C | G | 98.9% | 654.4 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (117/163); total (121/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTT > CP042583/1556651‑1557211 ||| cGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCtt < 1:454197/288‑1 (MQ=255) tACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACa < 1:1658947/288‑1 (MQ=255) ggTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAATCGCGATTTCCCTCATACCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGTGAGCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGTAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTAGATACTc < 1:750428/287‑1 (MQ=255) ggTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTc < 1:1242057/287‑1 (MQ=255) gTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCggg > 1:1792446/1‑289 (MQ=255) gTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATCCAAATTTGAGTACCTCGCGCCCCTTACATACCCggg > 2:309314/1‑289 (MQ=255) aTTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATTCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCTAAGTCAACAACATGCCAATTTGAGTACCTCCGCCGCCCTACATACTctgtg > 2:1110456/1‑283 (MQ=255) tGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGGGt > 2:284272/1‑289 (MQ=255) tGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGt > 1:1133178/1‑289 (MQ=255) ggCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTg > 1:197128/1‑286 (MQ=255) aaTGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGc < 2:360496/289‑1 (MQ=255) tGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACCGTGGCTCAGTCAACAACAGTGAAATTTGAGTACCTCGCGCCCCTTACTATCTCCGGGTATCCGGCGTTCACCGCTTGCCTGGccg > 2:1287759/1‑287 (MQ=255) tGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTACTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACAAGCAAATTTGAGTACCGCGCGCGCCTTACATACCCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAg > 1:558962/1‑289 (MQ=255) tACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGt > 1:178421/1‑286 (MQ=255) aCTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTcaca < 1:658600/289‑1 (MQ=255) gATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCggg > 1:173383/1‑246 (MQ=255) aattaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCACATTTGAGTACCTCGCGTGCCTTACATACTCGGGGTAACTGGCTGTCACCGCTTTCCTGGCAGGTCACATTGGTTCTTggg > 2:398821/1‑289 (MQ=255) aattaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTggg < 2:1666669/289‑1 (MQ=255) aattaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTggg > 1:779582/1‑289 (MQ=255) attaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTTCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCCCCTTACATACGCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGa > 2:565535/1‑289 (MQ=255) attaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACAtt > 1:820541/1‑278 (MQ=255) aCGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTTCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCaa > 1:1857548/1‑288 (MQ=255) 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gATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 1:1110456/288‑4 (MQ=255) gATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 2:462638/288‑4 (MQ=255) tCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGTGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActcactggt < 1:711547/289‑9 (MQ=255) 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GGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTT > CP042583/1556651‑1557211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |