| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,574,847 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,574,847 | 0 | A | T | 100.0% | 455.5 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,574,848 | 0 | G | C | 99.5% | 449.0 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (136/56); minor base T (0/1); total (136/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,574,849 | 0 | T | A | 100.0% | 461.3 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (136/57); total (136/57) | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGC‑AAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574570‑1575127 ||| gCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAac > 2:536098/1‑288 (MQ=255) 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tGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGC‑AAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAgg > 2:1714956/1‑288 (MQ=255) tGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGC‑AAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGa < 1:1673120/289‑1 (MQ=255) tGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGC‑AAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGa < 1:1558943/289‑1 (MQ=255) ||| GCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGC‑AAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574570‑1575127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |