Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 495,951 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 495,951 | 0 | A | T | 99.2% | 578.5 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 495,952 | 0 | G | C | 99.6% | 568.8 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (126/117); total (126/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 495,953 | 0 | T | A | 99.6% | 579.2 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (126/117); total (126/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GCTTAATGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCAGTATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTAGCGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTT > CP042583/495676‑496231 ||| cTTAATGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTAACGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGtct < 1:1438407/286‑1 (MQ=255) aTGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATGTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCCTTGTAAGGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCGGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTGTTTTCAATTGTGTCTCTGGGtt > 2:194587/1‑289 (MQ=255) gTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTc > 1:511774/1‑289 (MQ=255) gTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTc > 2:1037234/1‑289 (MQ=255) 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tcgTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACt > 1:400810/1‑273 (MQ=255) gTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTCCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGCTCGCTACGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTTGCATTGGCTTCATTGGATTGTGCCTTAATGCACTGCTCCCAGCGCCGCCCTGGCTGGCAAACTCTTTTCTTGGTTTCTGGGTTAGttt > 2:1219520/1‑289 (MQ=255) ||| GCTTAATGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCG‑CGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCAGTATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTAGCGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTT > CP042583/495676‑496231 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |