| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,588,966 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,588,966 | 0 | G | C | 99.2% | 556.8 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,588,967 | 0 | C | G | 99.6% | 560.4 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (161/76); total (161/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,588,968 | 0 | T | A | 99.2% | 561.2 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (161/77); total (161/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AGAAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACGC‑TTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCA > CP042583/1588687‑1589245 |||| agaAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAAAATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACTCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGa < 2:499650/289‑1 (MQ=255) 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AGAAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACGC‑TTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCA > CP042583/1588687‑1589245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |