Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,597,113 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,597,113 | 0 | A | T | 99.6% | 662.5 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,597,114 | 0 | G | C | 99.6% | 656.2 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/138); minor base T (1/0); total (142/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,597,115 | 0 | C | G | 99.6% | 656.8 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (141/138); minor base T (1/0); total (142/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TTAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596833‑1597392 ||| ttAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAAcg < 1:1511444/289‑1 (MQ=255) 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TTAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596833‑1597392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |