Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,600,317 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,600,317 | 0 | A | T | 98.7% | 522.0 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (103/119); minor base C (3/0); total (106/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,600,318 | 0 | G | C | 99.6% | 530.2 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/119); minor base A (0/1); total (106/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,600,319 | 0 | T | A | 99.1% | 532.2 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/120); minor base C (2/0); total (106/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CTTCGACAACCTCAGCGGTGCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGA > CP042583/1600040‑1600593 ||| cTTCGACAACCTCAGCGGTGCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTcac > 1:1779482/1‑288 (MQ=255) aGCGGTGCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAtttcg > 2:1445839/1‑285 (MQ=255) gggCCAGCGGCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTAGGCTTCCGAAACCGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATACAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAtttcggcag < 2:261038/286‑8 (MQ=255) gTGCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAtttcggcag < 2:1127972/288‑8 (MQ=255) 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gTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACTGCGGCCCGGGCGGTGGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGAACTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 1:58234/286‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 1:1358804/286‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 1:1070010/286‑1 (MQ=255) 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ggtACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGtga > 1:1035955/1‑289 (MQ=255) ||| CTTCGACAACCTCAGCGGTGCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGA > CP042583/1600040‑1600593 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |