| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 496,851 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 496,852 | 0 | G | C | 98.3% | 520.5 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (120/107); total (122/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,853 | 0 | C | G | 99.6% | 539.8 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (122/108); minor base T (0/1); total (122/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
ATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACA‑TAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAG > CP042583/496571‑497129 ||| atggACGGTGGCGAGGGCGGTGCGGTGACTGTACCCGGCGCTGGATTACAACGGGAAGATGTCAGGGGCACAGATTTGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGGTAGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGATGGCACA‑TAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTtgc‑tg < 2:441823/286‑1 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tCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGAt > 1:1501527/1‑130 (MQ=255) cgcTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTCTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGAGGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTGTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTCTTGGTTGGTTGATTATCGGCGTGTTGTGATTGCTGGTGCTGGTGGATTTGCGCCATTTTCGCCCGACGCCGCCGCAGGTGCCAGCGCCCg > 2:1558022/1‑288 (MQ=255) ttCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt > 1:1177522/1‑289 (MQ=255) tCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTa < 1:857676/289‑1 (MQ=255) tCGGCTGGTGGAGGGAGGTCGGCTCGTTGC‑TGGAATAACCAAGGCTTCAAACCGAAGCCCCGGAGGCGATGTTAGGTCGGAGTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGGGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTa < 2:1884332/289‑1 (MQ=255) tGAGTGCGGTCAGCTCGTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGt > 1:900695/1‑188 (MQ=255) ||| ATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACA‑TAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGC‑TGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAG > CP042583/496571‑497129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |