| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,601,251 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,601,251 | 0 | A | T | 100.0% | 514.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (102/114); total (102/114) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,601,252 | 0 | G | C | 99.5% | 509.5 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/113); minor base T (1/0); total (102/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,601,253 | 0 | T | A | 100.0% | 517.2 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (102/114); total (102/114) | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GCCTTTCTGACACAAATGCGCGAAGCGATGCCTAGCACGCTCAGTTTTGATGATTTTCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTAGTATGTTGCCTGTTGCCGCCTTGTTTGCTGACGGTAATGCACCACAGCGGGTGATGGATGTCGCTGCCGCGCCTGGCTCCAAAACGACGCAAATTTCCGCGCGGATGAATAACGAAGGGGCAATCCTTGCCAATGAGTTTTCCGCCAGTCGGGTAAAAGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCC > CP042583/1600972‑1601529 ||| gCCTTTCTGACACAAATGCGCGAAGCGATGCCTTCGACGCTCTCATTTGATGATTTTCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTTCAAtgttgc < 2:536638/289‑1 (MQ=255) ttCTGACACAAATGCGCGAAGCGATGCCTTCGACGCTCTCATTTGATGATTTTCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTTCAAtgttgcctgt > 1:1323669/1‑289 (MQ=255) cacaAATGCGCGAAGCGATGCCTTCGACGCTCTCATTTGATGATTTTCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTTCAATGTTGCCTGTTgccg < 1:84105/288‑1 (MQ=255) gcaGCGATGCCTTCGACGCTCTCATTTGATGATTTCCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTTCAATGTTGCCTGTTGCCGCCTTGTTTGCt < 1:451532/286‑1 (MQ=255) 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GCCTTTCTGACACAAATGCGCGAAGCGATGCCTAGCACGCTCAGTTTTGATGATTTTCTTGCCGCCTGTCAGCGCCCGTTGCGCCGCAGCATTCGCGTTAATACGCTGAAAATCTCCGTTGCTGATTTCCTGCAATTAACCGCTCCTTATGGCTGGACGCTTACGCCAATTCCGTGGTGTGAAGAAGGTTTCTGGATTGAACGCGACAATGAAGATGCATTGCCATTGGGTAGTACCGCCGAGCATTTAAGTGGCCTGTTTTATATTCAGGAAGCCAGTAGTATGTTGCCTGTTGCCGCCTTGTTTGCTGACGGTAATGCACCACAGCGGGTGATGGATGTCGCTGCCGCGCCTGGCTCCAAAACGACGCAAATTTCCGCGCGGATGAATAACGAAGGGGCAATCCTTGCCAATGAGTTTTCCGCCAGTCGGGTAAAAGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCC > CP042583/1600972‑1601529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |