| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,605,680 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,605,680 | 0 | A | T | 99.4% | 391.3 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (62/102); minor base C (1/0); total (63/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,681 | 0 | C | G | 100.0% | 385.8 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (63/102); total (63/102) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,682 | 0 | T | A | 100.0% | 391.9 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (63/102); total (63/102) | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAG > CP042583/1605400‑1605958 ||| tcagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATACGTTTCTTTTGGTTCTGTTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCATTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGTATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCat < 2:386657/282‑1 (MQ=255) 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TCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAG > CP042583/1605400‑1605958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |