| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,612,491 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,612,491 | 0 | A | T | 99.3% | 644.9 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/139); minor base G (1/1); total (135/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,612,492 | 0 | G | C | 99.6% | 645.8 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (134/139); total (135/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,612,493 | 0 | T | A | 98.9% | 637.6 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (133/137); total (135/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACA > CP042583/1612213‑1612771 ||| ccTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGcc < 1:755414/289‑1 (MQ=255) cTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTTAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGc > 1:10128/1‑289 (MQ=255) aGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGGTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCGCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGt > 1:976986/1‑288 (MQ=255) gcgcGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTg > 1:159787/1‑288 (MQ=255) 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cACCAGTAGGTCCTCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 2:689103/288‑1 (MQ=255) cACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 2:199550/288‑1 (MQ=255) gTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTc > 1:710714/1‑289 (MQ=255) 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tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATgg > 1:568649/1‑288 (MQ=255) tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATgg > 1:1885092/1‑288 (MQ=255) tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATgg > 1:1785409/1‑288 (MQ=255) 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gA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTCGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCAcgc > 2:275497/1‑288 (MQ=255) gTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGAATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATACTGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGGCTGGGGGTGGCACTGGCTCCTGCAGAGACTGTTGTCGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGcccccg > 2:1326401/1‑289 (MQ=255) tAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGt < 1:1845428/289‑1 (MQ=255) aTTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTaa < 1:1428316/289‑1 (MQ=255) tcAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 2:1484929/289‑1 (MQ=255) cAAGATCTCTCAGAGTTAGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTAc > 1:1221892/1‑289 (MQ=255) ||| CCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGT‑GGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGA‑TGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACA > CP042583/1612213‑1612771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |