Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,617,704 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,617,704 | 0 | A | T | 99.5% | 518.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,617,705 | 0 | G | C | 99.5% | 511.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/92); minor base T (0/1); total (123/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,617,706 | 0 | T | A | 99.5% | 515.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/92); minor base G (0/1); total (123/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AAAGTTGCCGAGGTCATTCTGGCTAGCCCCGATAACGCGATCCATAGCAGTATTGCTGCTATGGCACTGGAAGCCAATGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTG > CP042583/1617428‑1617985 ||| agaGTTGCCAGGGTCAGTCTGGCTTCGCCCGATAACGCGCTCCAGTCGAGTATTGCTGCTATGGCACAGGAAGCCAATGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAAt < 2:95361/287‑1 (MQ=255) 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aTCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAacgacg > 1:1024674/1‑288 (MQ=255) ccGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCa < 2:1747417/284‑1 (MQ=255) ccGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCa > 1:1747417/1‑284 (MQ=255) ||| AAAGTTGCCGAGGTCATTCTGGCTAGCCCCGATAACGCGATCCATAGCAGTATTGCTGCTATGGCACTGGAAGCCAATGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTG > CP042583/1617428‑1617985 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |