| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,285 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,285 | 0 | A | T | 99.6% | 640.9 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/155); minor base C (1/0); total (118/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,286 | 0 | G | C | 99.3% | 644.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (117/154); minor base A (1/1); total (118/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,287 | 0 | T | A | 98.5% | 620.3 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (115/151); total (118/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGAGCCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGG > CP042583/1624010‑1624564 ||| tccggcacaccggaagttgtttccctgcatccggagtttatttcaatgtttggtcctcgtggtgctgaacaactgggtatctatcgccatcatcataaccatcgtcacgatttacagggacgaattgttttgcgtcggggaaatgatcgcTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCTCATTACTTGGCGt < 1:1256344‑M2/139‑1 (MQ=255) cggaagttgtttccctgcatccggagtttatttcaatgtttggtcctcgtggtgctgaacaactgggtatctatcgccatcatcataaccatcgtcacgatttacagggacgaattgttttgcgtcggggaaatgatcgcTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCgtttggt < 1:286738‑M2/149‑1 (MQ=255) cggaagttgtttccctgcatccggagtttatttcaatgtttggtcctcgtggtgctgaacaactgggtatctatcgccatcatcataaccatcgtcacgatttacagggacgaattgttttgcgtcggggaaatgatcgcTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCgtttggt > 1:1494976‑M2/141‑289 (MQ=255) ttccctgcatccggagtttatttcaatgtttggtcctcgtggtgctgaactactgggtatctatcgccatcatcataaccatcgtcacgatttacagggacgaattgttttgcgtcggggaaatgatcgcTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTg < 1:1807046‑M2/158‑1 (MQ=255) 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ggCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCGGGGCCAGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGTCGGGACGCCAGAAGGTCATATCTCTATTGCGGTTGGCGTg > 2:84966/1‑289 (MQ=255) gCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTgg > 1:438846/1‑289 (MQ=255) gCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTgg > 1:400475/1‑289 (MQ=255) gCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTgg > 1:1242319/1‑289 (MQ=255) gCTCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCCTTTGCGATTGGCTTgg > 2:57598/1‑289 (MQ=255) tCATGCCTCATTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTTGTGGCATTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTCCTATTGGCggtg > 2:1264504/1‑284 (MQ=255) ||| TCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCGTTTGGTTTGTTGCTGGACGTGAATCCATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTAT‑GGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGAGCCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGG > CP042583/1624010‑1624564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |