| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,885 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,885 | 0 | A | T | 99.1% | 514.7 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (92/130); total (96/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,886 | 0 | G | C | 98.2% | 517.7 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (94/130); total (96/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,887 | 0 | C | G | 99.6% | 531.7 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (94/132); total (96/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGGTG > CP042583/1624605‑1625164 ||| gctgtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGgtggtg < 1:569578/282‑1 (MQ=255) 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gtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCt < 2:575293/284‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGTGTCTGTTGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTAtgtg < 2:707337/289‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTAtgtg < 2:318593/289‑1 (MQ=255) 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gcggGTCCGTCGGTCGTGCTATGTGCGGCACTGTTACTTATTCTCAGTCTGACGAAAAAGCAGGCCAGCCAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTCATCCGACCTACGGCTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGCCGCGACCAGCGTCGCATCGGGCCTATTGCCCGTTCCCGATTCGGCCCGAGCGACCAATCAGACTTACAGCCTTTCCGGCTGCGTTATGCCCACGTCATTCCACTCCTCCGTGGTCACCACACGCCCACGCGgtg > 2:230611/1‑289 (MQ=255) ||| GCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGGTG > CP042583/1624605‑1625164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |