| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 498,791 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 498,792 | 0 | G | C | 99.2% | 552.9 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (106/129); total (106/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,793 | 0 | C | G | 100.0% | 558.8 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (106/131); total (106/131) | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
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TGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTAGCAGC‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTT > CP042583/498522‑499071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |