Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,633,666 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,633,666 | 0 | A | T | 98.2% | 376.9 / NA | 168 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (89/74); minor base G (2/1); total (93/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,633,667 | 0 | G | C | 98.8% | 373.4 / ‑6.0 | 168 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (90/74); total (93/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,633,668 | 0 | C | G | 99.4% | 387.9 / NA | 168 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (92/74); total (93/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GTTGGTTTTCTCCCTGCGTTAACGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCAGCGTGCGTCGCAACATTCATCATGATAATTGCAAAATTATTGCCATCGACAACTCCCCGGCGATGATTGAACGCTGCCGTCGTCATATTGACGCCTATAAAGCCCCTACGCCAGTAGACGTCATTGAAGGTGATATTCGCGATATCGCCATTGAAAACGCAAGCATGGTGGTGCTGAATTTTACCCTGCAAT‑TCCTGGAACCTTCCGAGCGCCAGGCGTTA‑CTGGATAAAATTTATCAAGGGCTGAACCCCGGCGGCGCGCTGGTGCTTAGCGAAAAATT > CP042583/1633388‑1633946 ||| gTTGGTTTTCTCCCTGCGTTAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGTCACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCg < 2:789712/289‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCCCTGCGTTAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGc > 1:887745/1‑289 (MQ=255) ggTTTTCTCCCTGCGTTAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACGCCTCCG‑GTGCGTCGCa > 2:1198039/1‑288 (MQ=255) ggTTTTCTCCCTGCGTTAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCg > 1:494071/1‑286 (MQ=255) ttttCTCCCTGCGTTAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACa < 2:82329/289‑1 (MQ=255) tgttCTCCCTTGGTTGGAGCACAGTCCGCCCCTTGCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGCCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACa < 2:1471619/287‑1 (MQ=255) gTTAGCGCACAACAAGCCAGTTTGTTTTTCCCGGGTTTTTACGTTCTGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCGATCGCCAGACTGGGCGACTCGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCTGATATGATACGGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCATCATGATa < 2:1785979/289‑1 (MQ=255) ttAGCGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCATCACGATaa < 1:298139/289‑1 (MQ=255) caATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTATGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑TCCTCGGTGCGTCGCCATATTCATTATGATAATGTCaaaa > 2:1455595/1‑289 (MQ=255) caATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCCTCATGTTAATTGAaaaa > 2:620293/1‑289 (MQ=255) 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tATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCATCATGATAATTGCAAAATTATTGCCATCGACAACTCCCCGGCGATGATTGAACGCTGCCGTCGTCATATTGa < 1:1198039/289‑1 (MQ=255) atttgtCTGCCCCTGTAGGCGGCCTGGGCGACTGGACCTTTGTTGAACGGGTGGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGGTTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGTGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCATCATGATAATTGCAAAATTATTGCCATCGACAACTCCCCGGCGATGATTGAACGCTGCCGTCGTCATATTGa < 2:1459090/284‑1 (MQ=255) aTTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCTCGGTGCGTCGCAACATTCATCATGATAATTGCAAAATTATTGCCATCGACAACTCCCCGGCGATGATTGAACGCTGCCGTCGTCATATTGAc < 2:388213/289‑1 (MQ=255) 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GTTGGTTTTCTCCCTGCGTTAACGCACAATACGCCACTTTCTTTTTCCCGGATTTTTACGTTATGTCTCACCGCGACACGCTATTTTCTGCCCCTATCGCCAGACTGGGCGACTGGACCTTTGATGAACGGGTAGCTGAAGTCTTCCCGGATATGATCCAGCG‑TTCCGTACCCGGCTATTCCAATATTATTTCCATGATTGGTATGTTAGCCGAGCGCTTCGTTCAACCTGGTACGCAGGTTTACGATCTGGGTTGTTCTCTGGGCGCGGCGACG‑CTCAGCGTGCGTCGCAACATTCATCATGATAATTGCAAAATTATTGCCATCGACAACTCCCCGGCGATGATTGAACGCTGCCGTCGTCATATTGACGCCTATAAAGCCCCTACGCCAGTAGACGTCATTGAAGGTGATATTCGCGATATCGCCATTGAAAACGCAAGCATGGTGGTGCTGAATTTTACCCTGCAAT‑TCCTGGAACCTTCCGAGCGCCAGGCGTTA‑CTGGATAAAATTTATCAAGGGCTGAACCCCGGCGGCGCGCTGGTGCTTAGCGAAAAATT > CP042583/1633388‑1633946 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |