| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,637,348 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,637,348 | 0 | G | C | 100.0% | 758.7 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (181/140); total (181/140) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,637,349 | 0 | C | G | 99.7% | 752.7 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (180/139); total (181/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,637,350 | 0 | T | A | 99.1% | 755.6 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/140); minor base C (3/0); total (181/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
ATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACG > CP042583/1637069‑1637629 ||| aTCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCg < 1:1167290/289‑1 (MQ=255) tCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGGCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGCTGGTCCGt > 1:42399/1‑289 (MQ=255) cGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCCGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCCAAAATGGCCGATGGTCCGtt > 2:1237233/1‑289 (MQ=255) cTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTAc > 1:551677/1‑289 (MQ=255) cTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAAGGGCCGATGGTCCGTGAGCCTTAc > 2:1228515/1‑289 (MQ=255) cAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCGTACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGaa < 2:735086/289‑1 (MQ=255) cAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGaa < 1:744790/289‑1 (MQ=255) ggCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAAt > 1:860122/1‑288 (MQ=255) ggCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGCCCGTTAGCTTTACGCAt > 2:1084998/1‑288 (MQ=255) gCAATTTTTCAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCCACGCCACACAACATGGCCGTTTTCCGGAATCCGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATa < 2:1637691/288‑1 (MQ=255) gggTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAAt < 1:827059/288‑1 (MQ=255) gCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCg > 2:705153/1‑236 (MQ=255) cacaACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAg < 1:406915/289‑1 (MQ=255) 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ccTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCACCACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCCAAAATGGCCGACGGTCCGTTAGCTTTACGAATCCGATCATGTTGCCCATGAATCCGTTTTCATGCCTTTTCCCAGCCCa > 2:798430/1‑288 (MQ=255) ccTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTc > 1:1072350/1‑256 (MQ=255) ccTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCa > 1:151656/1‑288 (MQ=255) 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ttCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAg < 2:595318/289‑1 (MQ=255) gTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAAACGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGTCCTTTc > 1:1820811/1‑288 (MQ=255) gctgTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGCTCACCTGTGCTG‑CCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCgg < 1:253789/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |