Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,642,807 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,642,807 | 0 | A | T | 99.6% | 652.7 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,642,808 | 0 | G | C | 99.6% | 644.8 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/129); minor base A (0/1); total (143/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,642,809 | 0 | T | A | 100.0% | 658.9 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (143/130); total (143/130) |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTAGTGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATAGTGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAAAGTTGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAAAGTCAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTAGTAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTG > CP042583/1642527‑1643086 ||| cTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATc > 2:1097182/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |