| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,652,538 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,652,538 | 0 | A | T | 99.0% | 229.7 / NA | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (43/54); minor base C (1/0); total (44/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,652,539 | 0 | G | C | 99.0% | 226.2 / ‑3.9 | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (43/54); minor base A (1/0); total (44/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,652,540 | 0 | T | A | 100.0% | 230.4 / NA | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (44/54); total (44/54) | |||||||||||
GAGACTTCTGATTCTGACTCTTAGTTTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGAGTTATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGT > CP042583/1652258‑1652804 ||| gagaCTTCTGATTCTGACTCTTTCATTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAg < 2:607449/289‑1 (MQ=255) cTTCTGATTCTGACTCTTTCATTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTATCATATCAGTGcc < 2:37378/289‑1 (MQ=255) ctgattctgaCTCTTTCATTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCcatc > 2:1105461/1‑289 (MQ=255) attctgaCTCTTTCATTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCATTGCcatcat > 1:73400/1‑288 (MQ=255) 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gtGGGGGGGTGTTAGGTGACTCGCCAAGCCCATGGGAGCGAAGTTTACGCGGCAACAGGTTTTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTaa < 2:42718/287‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTcc < 2:269000/272‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTcc > 1:269000/1‑272 (MQ=255) 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cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAgggg < 1:1742056/289‑1 (MQ=255) cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAgggg > 1:1773949/1‑289 (MQ=255) cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAgggg > 2:388539/1‑289 (MQ=255) cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTCCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAgggg > 2:1004310/1‑289 (MQ=255) cGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGa > 1:1850561/1‑288 (MQ=255) aaGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATA‑CCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCg < 2:1491100/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |