| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 501,825 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 501,826 | 0 | G | C | 98.9% | 434.0 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (109/77); minor base A (1/1); total (110/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 501,827 | 0 | C | G | 98.9% | 437.4 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (108/79); total (110/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CCGGGCCTGACCCGCAGCCCGGAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGAGCCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATAGCGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCAT‑GGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTA > CP042583/501549‑502097 ||| ccgggccTGACCCGCTCGCCGGAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATAtg > 2:601048/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |