Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,669,526 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,669,526 | 0 | G | C | 99.6% | 558.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,669,527 | 0 | C | G | 99.6% | 549.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (119/116); total (120/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,528 | 0 | T | A | 98.7% | 553.9 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/115); minor base C (3/0); total (120/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GCAAAACCGTGCGCCCGCCCGAGGCTGTTCTTTTTGCTTACGCCAGCCAGGCTAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTG > CP042583/1669248‑1669805 ||| gCAAAACCGTGCGCCCGCCCGAGCGAGTTCTTTTTCGATACGCCAGCCAGCGAAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACTGCCTGTTTGTTCCAGTCGCTGGTAAACAAGCACTGTCCTCCAATCCCTTCcaaa > 2:706613/1‑288 (MQ=255) 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cagcaaaaaTGGACGAGAAGGGAAACAGGCCACTACAACATCGTTTTGAAGAATATGTGTACGACTGTGTTCGGCCTCCGCGTCATCACTCACGCGTTCTTTAAGGTTGAGGCTGATGTTGCGGATGTCGTCATTATAATGATGCGGCTGCGGATCGCAATAAAGGTTGGCGTGGTAAGTGGTTACGGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCCTCGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGCTCGAGAAATCGaa < 2:199059/281‑1 (MQ=255) gaaaaTGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCa < 2:583369/286‑1 (MQ=255) tgccAAGGGAACCCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCATCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGCTATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGga < 2:1907670/285‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |