Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,674,449 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,674,449 | 0 | G | C | 99.6% | 602.1 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,674,450 | 0 | C | G | 99.2% | 584.3 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (149/101); minor base T (0/2); total (149/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,674,451 | 0 | T | A | 99.6% | 599.9 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (149/103); minor base G (0/1); total (149/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CGGCGCAGGAAATGCTGGCAGCTTACGCGGGTTAATCCCTGTTACGTTTGAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGGCTATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATATTAAGATAGCTGTTGGTATCAAGAAAACTGGTTATATGAATACGGCTTTTTTCTGGGCTATATCTAATGGCATTAACAATAAGATTGCTTAACATTCGTTGTAGTAAAATTTTATCCGCAAAGATTTGCTGATTGCACTCGACCTTAAAGCAAATCTCTTTCTCGTCACTAAGGTATTCAAGATAGTCCAACAAATTTTCGA > CP042583/1674175‑1674729 ||| cggcgCAGGAAATGCTGGCAGCTTACGCGGGTTAATCCCTGTTACGTTTGAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTcccc > 1:1036548/1‑288 (MQ=255) 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cGTTTGAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGtt > 2:1897005/1‑288 (MQ=255) tttGAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCa > 1:424550/1‑289 (MQ=255) gAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAggg < 2:1753933/289‑1 (MQ=255) aaGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGc < 1:1050490/288‑1 (MQ=255) gcATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGatat < 1:754714/289‑1 (MQ=255) cATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCTAGGGCTGGCGATATc > 1:1170387/1‑289 (MQ=255) ataagacatggcgGCCCGGTTAGTCTTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATc < 2:767207/278‑1 (MQ=255) tcaatcGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAatat < 2:1372363/289‑1 (MQ=255) caatcGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGTTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATAtt < 2:1036548/289‑1 (MQ=255) caatcGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATAtt < 1:688824/289‑1 (MQ=255) cgcgGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATATTAAGa < 1:172019/289‑1 (MQ=255) acgacgTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGaa < 1:835410/215‑1 (MQ=255) 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gacgTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATATTAAGATAGCTGTTGGTATCAAGaaaa < 1:392200/289‑1 (MQ=255) cgTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATATTAAGATAGCTGTTGGTATCAAGaaa > 1:9352/1‑286 (MQ=255) cgTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGCGAATTATCTCCCCGCCAAAATCAACGGAATAGTTTTCCAGGCCAATAAATTTTCGTTCCAGGGTTGGCAGTTTGAATATTAAAATCACAGTTggatgcaacaaaatg > 2:568321/1‑276 (MQ=255) 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CGGCGCAGGAAATGCTGGCAGCTTACGCGGGTTAATCCCTGTTACGTTTGAATGTAAGCGCATAATCAATCGCGGCCGCGTTAGTACTCACGACGTGGCTGCGTTTTTTCACGGTTAATTTATGGCGTACTGAAGCCCTATGTTAATTTCTTTGCGGTAACGTAATCCGGAACACATTATGCTTATTGAGATAGTGATACGTAGCACTTCCCCCATGCAATTCGGCAATCGCTTTGACTAAAGAAAGGCCTAGTCCCTGACCTACGGAATGACGGCTATTATCTCCCCGCCAAAATCTACGGAAGAGTTTTTCAGGCTCATTAATTTTCGTTCCAGGGCTGGCGATATCAATATTAAGATAGCTGTTGGTATCAAGAAAACTGGTTATATGAATACGGCTTTTTTCTGGGCTATATCTAATGGCATTAACAATAAGATTGCTTAACATTCGTTGTAGTAAAATTTTATCCGCAAAGATTTGCTGATTGCACTCGACCTTAAAGCAAATCTCTTTCTCGTCACTAAGGTATTCAAGATAGTCCAACAAATTTTCGA > CP042583/1674175‑1674729 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |