Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,677,028 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,677,028 | 0 | A | T | 100.0% | 402.0 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,677,029 | 0 | G | C | 100.0% | 405.2 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (102/70); total (102/70) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,030 | 0 | T | A | 99.4% | 403.2 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (102/69); minor base G (0/1); total (102/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCG > CP042583/1676748‑1677304 ||| aCTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCg < 1:77281/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |