| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,677,046 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,677,046 | 0 | A | T | 100.0% | 400.6 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (106/66); total (106/66) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,677,047 | 0 | G | C | 98.8% | 392.4 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (105/64); minor base T (1/1); total (106/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,677,048 | 0 | C | G | 99.4% | 399.6 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (106/65); total (106/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAG‑CCTGAAAACC > CP042583/1676770‑1677327 ||| aaGTTTCTTCCCTGAGCTCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGATGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCgg < 2:1104966/289‑1 (MQ=255) ttttCTTCCCTGGGATCCCCGTTGAAATTCATATTAAAAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGACTTTATGACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTAAC‑GTGGCAGTTAATGAATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCa < 2:1731851/288‑1 (MQ=255) tttctacacgaagaTCACCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAg < 2:274855/278‑1 (MQ=255) ccccGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATC‑GTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTg < 1:1565632/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |