Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,677,451 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,677,451 | 0 | A | T | 97.9% | 449.6 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (104/86); minor base C (3/1); total (107/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,452 | 0 | G | C | 99.5% | 446.6 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/86); total (107/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,453 | 0 | C | G | 100.0% | 457.5 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (107/87); total (107/87) |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGAGCATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCG > CP042583/1677173‑1677726 ||| gccgGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGt > 1:697280/1‑289 (MQ=255) 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tGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCTCTTGCCGAACCTACCa > 1:676384/1‑288 (MQ=255) tGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAg < 1:1609936/289‑1 (MQ=255) gcacactagcGCCACAAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACGTCTATGTATTCGGGCGGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAg < 2:1415747/280‑1 (MQ=255) 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CCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACCGATCCATGGACACTGAAAATCAGCGGCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGAGCATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCG > CP042583/1677173‑1677726 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |