Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,678,522 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,678,522 | 0 | A | T | 100.0% | 430.9 / NA | 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,678,523 | 0 | G | C | 99.4% | 422.3 / NA | 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (72/107); minor base A (0/1); total (72/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,678,524 | 0 | T | A | 100.0% | 427.1 / NA | 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (72/108); total (72/108) |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
AGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGATGTGGCGCGAGCGCCCTATCCGGCATACACAGATCGCATCAGGTTATGTTTCGTTTGTCATCAACCTCAAATCACCAAAATAATTTATTTTATTTCAATAAGATAGATAAGTAGAA > CP042583/1678245‑1678796 ||| aTTATGGTGCTTTGCATGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCAGTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTACGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCt < 2:1286338/288‑1 (MQ=255) aTGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCa > 2:372452/1‑287 (MQ=255) tGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCt > 1:86502/1‑289 (MQ=255) gCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACg < 2:1124217/288‑1 (MQ=255) 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tGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgctgggctgg < 2:1492495/289‑1 (MQ=255) gggCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgctgggctgg > 2:1795787/1‑288 (MQ=255) ggCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgctgggctg > 1:911876/1‑286 (MQ=255) 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AGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGATGTGGCGCGAGCGCCCTATCCGGCATACACAGATCGCATCAGGTTATGTTTCGTTTGTCATCAACCTCAAATCACCAAAATAATTTATTTTATTTCAATAAGATAGATAAGTAGAA > CP042583/1678245‑1678796 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |