Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,680,224 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,680,224 | 0 | A | T | 100.0% | 532.3 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (115/109); total (115/109) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,225 | 0 | G | C | 99.6% | 529.3 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/109); minor base A (1/0); total (115/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,226 | 0 | C | G | 99.6% | 526.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (115/108); total (115/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCACGCTGGCGCAGCACTCTTTCATCACTACATTCAGAAAGATAATACTCTGTTACGAATGATGCCTCGCCGCAAATAAGTCGATCCCCTTACAAGGAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACC > CP042583/1679950‑1680497 ||| aTGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCaa > 1:700243/1‑289 (MQ=255) 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gAAATCCGTGTCTGGTTTCCTAAAGGTAGTATTACTGATCTTCTGATGCGAGAAACACATTACTATGCGAGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTTATCCTTCTATTGTGCAACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCGTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTAGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTccc < 2:953186/288‑1 (MQ=255) cTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTg < 2:127475/289‑1 (MQ=255) cGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTGCAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGtt > 1:948061/1‑288 (MQ=255) 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tCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATaaaa > 2:187255/1‑289 (MQ=255) ctgctgATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATaaaaa > 1:677271/1‑289 (MQ=255) ctgATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATgtgt > 2:260352/1‑241 (MQ=255) 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aTGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTc > 2:179495/1‑289 (MQ=255) aaCACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAAcc < 2:84075/289‑1 (MQ=255) aaCACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAAc < 1:84298/288‑1 (MQ=255) 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AATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCACGCTGGCGCAGCACTCTTTCATCACTACATTCAGAAAGATAATACTCTGTTACGAATGATGCCTCGCCGCAAATAAGTCGATCCCCTTACAAGGAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACC > CP042583/1679950‑1680497 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |