Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,681,204 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,681,204 | 0 | A | T | 99.7% | 680.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,681,205 | 0 | G | C | 99.7% | 675.7 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (143/140); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,206 | 0 | T | A | 99.7% | 682.9 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/140); minor base C (0/1); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TTCTACGATTGTTCTGTTTAGGAAAAGCAAGGCGGGAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGA > CP042583/1680928‑1681484 ||| ttCTACGATTGTTCTGTTTAGGAAAAGCAAGGCGGGAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCaaa < 1:86406/289‑1 (MQ=255) 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agGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAAtt > 1:1553987/1‑289 (MQ=255) agGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAAtt > 1:1140275/1‑289 (MQ=255) ggggATTTGAACGCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGGAATTTTGTTCAGGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCGGGAAAGTACAAGAATCAGCACACCAAACTGCTCTTCCCTGGCAGCAGGCACTACCGATCCCCTTTTCAACGTTTCTGACGGGACAGGAACAAAGCAAATTAg > 2:835334/1‑289 (MQ=255) 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tACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATg < 2:448897/243‑1 (MQ=255) tACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATg > 1:448897/1‑243 (MQ=255) ||| TTCTACGATTGTTCTGTTTAGGAAAAGCAAGGCGGGAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGA > CP042583/1680928‑1681484 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |