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| * | CP042583 | 1,681,527 | 0 | T | A | 99.2% | 568.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/123); minor base C (1/1); total (114/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGAGTGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGA > CP042583/1681248‑1681805 ||| cccccTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCaga > 1:1462203/1‑287 (MQ=255) 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gaTAACCAAGGTATTGTTCAGTCAGATCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGGTTTGAACTGGTTGGTTATACAAGCTTCTTTTGTTGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTGCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCGGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGcagcc < 2:92803/287‑1 (MQ=255) aaCCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCg > 1:1613487/1‑289 (MQ=255) ccAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATCGGTTTGCTAGAATGCGGCGAGCATTTATGCTTATgaacacatgca > 2:1405717/1‑278 (MQ=255) cGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCctg < 2:1370193/289‑1 (MQ=255) ttGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTg < 2:1450211/171‑1 (MQ=255) ttGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGa > 1:1149493/1‑255 (MQ=255) ||| CCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGAGTGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGA > CP042583/1681248‑1681805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |