| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 504,775 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 504,775 | 0 | A | T | 99.5% | 511.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (88/129); minor base G (1/0); total (89/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,776 | 0 | G | C | 99.5% | 510.9 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (88/128); minor base T (1/0); total (89/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,777 | 0 | C | G | 99.5% | 506.5 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (88/128); total (89/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGAGCATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATAGTCTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTA > CP042583/504503‑505052 ||| ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGGAACGTCGAGCATTTCCCGTgc > 1:44275/1‑289 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GGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGAGCATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATAGTCTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTA > CP042583/504503‑505052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |