Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,691,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,691,994 | 0 | A | T | 100.0% | 576.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,691,995 | 0 | G | C | 99.6% | 561.0 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/110); minor base T (1/0); total (131/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,691,996 | 0 | T | A | 100.0% | 575.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/110); total (131/110) |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATCGTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691721‑1692275 ||| atgatgACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAata < 1:109389/286‑1 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 1:441333/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 2:1253179/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcg > 2:1133772/1‑288 (MQ=255) 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tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 2:991366/1‑289 (MQ=255) ctggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtt > 2:1094443/1‑289 (MQ=255) gggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgcg > 2:1089517/1‑225 (MQ=255) 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ATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATCGTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691721‑1692275 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |