Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,693,430 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,693,430 | 0 | A | T | 99.0% | 691.9 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/160); minor base G (3/0); total (134/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.35e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,693,431 | 0 | G | C | 99.7% | 700.8 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (133/159); total (134/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,693,432 | 0 | T | A | 99.3% | 684.7 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (131/159); minor base C (2/0); total (134/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGAGTAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTA‑TGTACTTGCACACG‑CTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGGCCCGGTGAGGAAGTCAAACAGCGGCTACGTACTGGTACTGTGGT > CP042583/1693151‑1693710 ||| gTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTCTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGTCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:424359/1‑288 (MQ=255) 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ttGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGa < 2:12859/289‑1 (MQ=255) tGACCATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGc < 2:1186814/286‑1 (MQ=255) gCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCt > 2:976354/1‑262 (MQ=255) 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tGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTCTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGTCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGa < 2:424359/289‑1 (MQ=255) tACGAACTCCCCACGTTATGTGGATTCATTCGTGCGTGGGGTATGCAGCCAGATCATCGATCCTGTTAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCTAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTGCCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTc < 2:1814494/289‑1 (MQ=255) tACCAACTCAACACGTTAGGTGGCGGTATTCTTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTc < 2:1602655/289‑1 (MQ=255) tACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATg > 1:266900/1‑287 (MQ=255) acaaaccacGGTATGTGGTTGCATTCGTTCGTTTCAGATGCAGCCCGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCATTCTTGTGCGGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCAGTTCCGACCTTTCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGtt < 2:1210098/283‑1 (MQ=255) aCTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGtt < 1:179971/289‑1 (MQ=255) 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aTGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCa > 1:1002231/1‑289 (MQ=255) aTGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCa < 1:1706940/289‑1 (MQ=255) tGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGc > 1:1591458/1‑289 (MQ=255) 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tGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTA‑TGTACTTGCACACG‑CTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGGCCCGGTGAGGAAGTCAAACAGCGGCTACGTACTGGTACTGTGGt > 1:1271976/1‑289 (MQ=255) tGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTA‑TGTACTTGCACACG‑CTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGCCCGGGGGAGGAAGCTAAAACGCAGCTAAgtacatgtacctgggt > 2:247354/1‑283 (MQ=255) ||| ACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGAGTAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTA‑TGTACTTGCACACG‑CTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGGCCCGGTGAGGAAGTCAAACAGCGGCTACGTACTGGTACTGTGGT > CP042583/1693151‑1693710 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |