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* | CP042583 | 1,696,367 | 0 | T | A | 99.4% | 424.2 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (66/113); total (66/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
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cTGGTAAATAAC‑ACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTa < 1:2210/289‑1 (MQ=255) tGGTAAATAAC‑ACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCACTCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCACCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGCAGACAAGGCACTAAAACAATATGCCGCCAATAATAATACTAATAATATTAAGGCTACCGTTAAACAATAGCGGAAt > 2:354810/1‑289 (MQ=255) aTAAC‑ACAGAATAGACAATCGCCGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGCGAAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGt < 2:1042402/289‑1 (MQ=255) ||| TGCCATAACCCCGGCAAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAAC‑ACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGT > CP042583/1696089‑1696646 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |