| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,696,446 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,696,447 | 0 | C | G | 99.4% | 409.7 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (73/100); minor base T (0/1); total (73/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,696,448 | 0 | T | A | 100.0% | 416.4 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (73/101); total (73/101) | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAAC‑ACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTGCACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCAGCTGCTGGATAACTGAGTACCGTCAGCTCCAGAT > CP042583/1696166‑1696726 ||| gaagcgctggttcggcTATCTGCCCTAACCCCAACCGTCGGCCTGTAATGAACGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGGTAATAACCGAACACTGGTAAATAAC‑ACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAgcgc < 2:900576/275‑1 (MQ=255) 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ctctTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTGCACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCAGCTGCTGGATAACTGAGTACCGTCAGCTCCAGAt > 2:507849/1‑289 (MQ=255) ctctTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCACTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTACACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCATCTGCTGGATAACTGAGTACCGTAAGCTCCAGAt > 2:1108112/1‑289 (MQ=255) ||| GCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAAC‑ACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTGCACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCAGCTGCTGGATAACTGAGTACCGTCAGCTCCAGAT > CP042583/1696166‑1696726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |