Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,702,335 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,702,335 | 0 | G | C | 100.0% | 631.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,702,336 | 0 | C | G | 100.0% | 622.3 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/143); total (121/143) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,702,337 | 0 | T | A | 99.6% | 623.6 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/142); minor base C (0/1); total (121/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGGCTTGCAAGGATGCTTTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCA > CP042583/1702058‑1702614 ||| aTCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACg < 2:392351/288‑1 (MQ=255) tCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCa > 1:507447/1‑289 (MQ=255) cGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCag > 1:387707/1‑289 (MQ=255) gCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGAAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTGCCCCGGCTGACCGCCCATGCTCCCGCCCGCGATGCGAGGATCGATTCGCCACCCaga > 2:1252982/1‑289 (MQ=255) 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agaAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCttt > 2:1282347/1‑288 (MQ=255) cTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACt < 2:1557987/263‑1 (MQ=255) cTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACt > 1:1557987/1‑263 (MQ=255) 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gAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTCCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACcaca < 1:215782/289‑1 (MQ=255) cGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCACAATACTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGcc > 2:198322/1‑289 (MQ=255) caTAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCt > 1:1722695/1‑289 (MQ=255) 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acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTa > 1:849868/1‑288 (MQ=255) aTGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTaa < 2:1455439/219‑1 (MQ=255) aTGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTaa > 1:1455439/1‑219 (MQ=255) 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tGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGcc < 1:1016998/288‑1 (MQ=255) tGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGcc < 2:1639563/288‑1 (MQ=255) tGCAAGGATCGATCCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCa < 1:69852/289‑1 (MQ=255) ||| TATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAA‑CACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGGCTTGCAAGGATGCTTTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCA > CP042583/1702058‑1702614 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |