Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,714,708 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,714,708 | 0 | A | T | 99.3% | 337.8 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,714,709 | 0 | G | C | 100.0% | 335.0 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (70/75); total (70/75) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,710 | 0 | T | A | 98.6% | 328.8 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (67/75); minor base C (2/0); total (70/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TACCCGCACTGTTAACGATATTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTAGTGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCAGTACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCG‑CACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAA > CP042583/1714428‑1714986 ||| tACCCGCACTGTTAACGATATTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTggg < 1:1167083/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |